Jürgen Miksch hat Philosophie, Theologie und Soziologie studiert, beide theologische Staatsexamina abgelegt und wurde 1971 über das Thema "Jugend und Freizeit in der DDR" zum Dr. phil. promoviert. Er arbeitete danach als Pfarrer und wissenschaftlicher Mitarbeiter im Kirchlichen Außenamt der EKD in Frankfurt - später als Oberkirchrat. Von 1984 bis 1993 war er stellv. Direktor der Evangelischen Akademie Tutzing. Während dieser Zeit gründete er PRO ASYL. 1992 wurde er zum Beauftragten der evangelischen Kirche in Hessen und Nassau berufen und übte dieses Amt bis 2001 aus.
Von 1994 bis 2017 war er Vorsitzender des Interkulturellen Rates in Deutschland und initiierte die Internationalen Wochen gegen Rassismus. Seit 2014 ist er der geschäftsführende Vorstand der Stiftung für die Internationalen Wochen gegen Rassismus.
Jürgen Miksch ist "gelebter und kontinuierlicher Kampf" gegen den Rassismus.